简介:阿里什沙阿

从生物信息学生物化学

Person in red shirt sitting in front of fall leaves

三年级研究生阿里什沙阿在基因测序工作发现了发育生物学的热情之前,努力表明,并非所有的核糖体是相同的。

罗利mcelvery

 

除了笔记本电脑,笔记本电脑和常规实验室用具,阿里什沙阿的桌子上装饰着从他的生活前ag真人平台注册的人和地方的纪念品。他自豪地展示代表他在著名的生物技术公司时间“不要忘记雨”跨施蒂希提醒他西雅图,一个品牌“的Illumina实习生”引脚,以及一对神秘,古怪的眼镜,曾是一位杰出的生物学家从他以前的研究机构。沙阿目前是一个三年级研究生专攻生物化学和发育生物学,虽然几年前他就已经归自己作为一名计算机科学家,湿实验室工作回避了。

在硅谷长大,国王一直认为他会进入计算机科学。毕竟,这是他的兄弟选择的职业。在2007年,他就读于美国加州圣地亚哥大学的生物信息学专业,其中,作为他回忆说,当时的计算机科学和光对生物沉重。

“在时代‘大数据’,我们在很大程度上依赖于算法来帮助处理大量数据,并找到我们的结果趋势,”他说。 “生物信息学是在生物学和计算机科学的交叉这个凉爽的地方 - 两件事我真的很喜欢 - 所以我也同意了。”

他的年级和四年级之间,沙阿在实习Illumina公司,编写代码的DNA测序仪跑到分析生物样品。与现代的“下一代”测序技术的兴起,他回忆说,该公司“聘用左右。”

毕业后,Illumina公司邀请他回为一个专职从事生物信息学,生成代码,将允许他们的机器来分析的短RNA。虽然他通常喜欢自己的工作,一年后,他开始觉得缺了点什么。

“在某一点上,我意识到我没有新开发任何东西,”他说,“我只是在执行的东西,其他人创造了”。

不久之后,国王离开了金州为翡翠城,以工作作为在西雅图Fred Hutchinson癌症研究中心研究技术员。 “他们正在寻找一个计算机科学家专注于Illumina测序数据分析,我是来学习的湿实验室技术从事生物信息学,”他说,“这是一个完美的结合。”

在当时,张柏芝MOENS的实验室使用 反向遗传方法 产生突变的一个数组中的斑马鱼的基因组,分发这些动物研究人员要求具体修改特定的基因。沙阿赶到就像CRISPR,TALENS,和其他基因编辑技术被取代传统的遗传方法。他最终开发出一种新的CRISPR基 反向遗传学屏幕 在发展中国家斑马鱼以低成本快速,高效地创建突变,然后开始一个单独的项目研究肿瘤细胞 运动和传播。他深情地回忆起他的天显微镜坐在黑暗中检查胚胎和收听播客。

Person in lab coat looks at vial with clear liquid“设计一个实验,通过数据筛选,并揭示了一些以前未知的真相是非常可喜的,”他说。 “但直到我加入了一个发育生物学实验室,我才意识到,你真的需要基本的蛋白质相互作用和监管制度,以开发新的技术和工具的核心理解。我觉得我已开始对人类作出贡献的集体知识。”

在许多实验室中使用斑马鱼来了解发展。渡雄一雌鱼一天晚上,将产生数百个胚胎的第二天早上,和后代最初看穿。这意味着处理所有显影脊椎动物胚胎的特性,如细胞分裂和迁移,易于在显微镜下进行跟踪。

四年后,沙阿确定 - 如果他想运行一个公司或自己每一天的实验 - 他需要一个博士学位。他在2016年秋季入学ag真人平台注册,并开始寻找这样一个实验室,将让他继续追求在斑马鱼发育的研究。他最终落户“发育生物学和生物化学介于两者之间,”选择由助理教授为首的新组 埃利泽·卡洛 (谁开始在ag真人平台注册同一年)。当他加入了卡洛实验室,沙阿是只有三个实验室成员之一。今天, 团队 已发展到10余人,其中研究生,博士后,技术人员,科研人员本科,和偶尔的夏季学生。

沙阿享有的具有自主设计自己的项目,并与卡洛密切合作,形成集研究轨迹,让他从头开始它。而令人兴奋的,不足之处是没有什么的基础上 - 没有预先存在的数据集,数据库,抗体或协议。虽然它不容易起步,现在国王每个知道的错综复杂的细节和他的实验,从内到外的每一个。

“在未来,我已经几乎没有任何背景,生物化学,”他说,“但我希望通过加入该正在对我感兴趣的一个问题一个实验室挑战自己 - 发育生物学 - 用一种新的方法 - 生物化学。 ”

虽然沙阿介绍了卡洛实验室为被极其多方面的,周围的核糖体群集会,大分子机器变成RNA成蛋白质。具体而言,该实验室研究了如何核糖体而建,他们是如何使用的,以及他们是如何调控。

根据沙,科学家的模型,所有的核糖体是相同的下操作。但近年来它已经成为越来越明显的是,相同的有机体,组织或细胞内并非所有的核糖体是完全一样的。这些机器由负责执行蛋白质合成的大核糖体RNA(rRNA的),并通过结合多个不同的核糖体蛋白的稳定化。斑马鱼,沙阿指出,包含两种不同的核糖体(姑且称之为核糖体和核糖体B)在其整个生命周期,每个由不同的rRNA的的。

“一个显而易见的问题是,为什么会进化的结果在同一动物的两个不同的rRNA的?”沙阿说。 “除非,当然,他们有两个不同的功能。而这正是我试图弄清楚。”

看来,不是每个斑马鱼的细胞都含有核糖体和核糖体b。在同一时间。事实上,核糖体乙方仅卵子发生期间卵子形成表达。在这一点上,核糖体 - 两个比较常见的 - 依然处于关闭状态。然而,随着动物的不断发展,核糖体b的逐渐由核糖体所取代。

“这就是我们真正感兴趣的,”沙阿说,“因为这两个核糖体之间的功能差异是发展可能很重要。我们只是不知道如何;也许是核糖体的翻译不同的mRNA“。

Person sitting at lab desk

在2018年,伊朗国王赢得了 研究生研究奖学金奖 从美国国家科学基金会和 邓丽君铿研究生教学奖 从生物学的部门。经过几年的研究生院的尚存,他还没有决定他是否想留在学术界长期或返回行业。

“我只是希望得到真正的投资,我对工作的项目,”他说。 “学术界的肯定是建立这样,我可以做到这一点,但如果有一个行业的工作与我的科学兴趣对齐,我会走这条路太 - 只要它的好奇心驱动和基于发现”

沙阿,发育生物学集中体现了这些东西。发育生物学家的工作,他说,是解析天生真实编程生活优雅的系统。他指出,从20世纪胚胎学家维克托·汉堡包他最喜欢的名言:“我们真正的老师一直是,现在仍然是胚胎,是谁,顺便说一句,谁永远是对的唯一的老师。”

图片来源:罗利mcelvery

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